Głównym narzędziem pracy z ciałem Pacjenta są dłonie terapeuty. Wykonuje on palcami charakterystyczne i bardzo precyzyjne ruchy. Esencją terapii są ruchy przetaczania lub rolowania powięzi na mięśniach, ścięgnach, więzadłach i nerwach. W trakcie zabiegu terapeuta najczęściej wykonuje ruchy symetrycznie – po obu stronach osi pionowej ciała, zaczynając zwykle od lewej lub od zdrowszej strony.

Technikę Bowena można określić jako system informacji wysyłanych do organizmu. Stymulacja ściśle określonych punktów na ciele wywołuje drgania. Są one wychwytywane przez receptory zlokalizowane na powięziach, czyli na błonach opinających wszystkie mięśnie w ciele. Informacje w postaci wibracji przenoszone są poprzez układ nerwowy i trafiają do mózgu. Mózg odbiera informacje jako bodźce do zapoczątkowania ogólnoustrojowych procesów naprawczych. Następuje synchronizacja obu półkul i pobudzenie poszczególnych płatów mózgowych. W rezultacie poprawia się praca organów i układów wewnętrznych ciała. W ten sposób w organizmie zostaje przywrócona homeostaza, czyli wewnętrzna równowaga.

Pomiędzy seriami ruchów następują kilkuminutowe przerwy, które są częścią zabiegu. Dzięki nim organizm otrzymuje niezbędny czas na przyswojenie informacji oraz reakcję w postaci zainicjowania odpowiednich mechanizmów regeneracyjnych.

Leczenie zachodzi na wielu poziomach. Rozpoczyna się od zrelaksowania organizmu i przejęcia dominacji układu nerwowego przywspółczulnego nad układem nerwowym współczulnym. W konsekwencji uruchamiane są procesy regeneracyjne na poziomie komórkowym. Wzmacniają się narządy i poszczególne układy.

Pojawiają się fizjologiczne zmiany prowadzące do oczyszczenia ciała z toksyn i wolnych rodników. Pobudzeniu ulegają również mechanizmy układu autoimmunologicznego. Prowadzi to do zwiększenia odporności na działanie patogenów, czyli zewnętrznych czynników chorobotwórczych. Pozytywne zmiany sięgają także sfery psychicznej i emocjonalnej, dzięki czemu Pacjent uodparnia się na stres.